Ứng dụng mô hình mô phỏng docking để so sánh tương tác giữa các thuốc kháng cholinergic với enzyme acetylcholinesterase - Toàn, Nguyễn Hữu; Si, Nguyen Thanh; Thảo, Huỳnh Như; Thiện, Huỳnh Duy; Đệ, Trần Quang; Huê, Bùi Thị Bửu; Quy, Hà Thị Kim; Bạch, Lê Thị; Tuân, Nguyễn Trọng (Tạp chí Khoa học Đại học Cần Thơ, 2020)
Trong nghiên cứu này, docking phân tử bằng AutoDock được sử dụng để nghiên cứu những tương tác giữa một số loại thuốc (tacrine, rivastigmine, galantamine và donepezil) với enzyme acetylcholinesterase (AChE). Cấu trúc X-ray của AChE (PDB: 4EY6) được lấy từ Protein Data Bank để hỗ trợ các tính toán được chạy trên AutoDock Vina, AutoGrid4 và AutoDock4. Năng lượng tự do của các cấu trúc được xác định bằng việc sử dụng phương pháp docking tự động thuật toán di truyền Lamarckian (LGA). Những tác động ức chế của ligand được phân tích bằng phần mềm Discovery Studio Visualizer chỉ ra các tương tác quan trọng: liên kết hydrogen, vùng kị nước, pi-stacking với hướng hoạt động các amino acid thơm và thuốc. Dựa vào kết quả từ thuật toán LGA và phần mềm Discovery Studio Visualizer, kết quả docking cho thấy cấu trúc các thuốc kháng acetylcholinesterase đều tương tác với vùng hoạt động của enzyme này, định hướng cho việc sàng lọc các thuốc điều trị bệnh Alzheimer.